Premiéru v reprezentačním dresu prožil Ondra 15. listopadu 2013 v Olomouci v přípravném utkání proti Kanadě. Už ve třetí minutě také vstřelil svojí první branku. Trenér Josef Pešice ho nechal odehrát celých devadesát minut.
Druhého startu v národním dresu se dočkal 22. března 2017 v Ústí nad Labem, kde nastoupil v přípravném utkání proti Litvě do druhého poločasu a přispěl ke konečnému vítězství 3:0 krásnou asistencí Michaelu Krmenčíkovi na třetí branku.
Třetí start si připsal v přípravném utkání v Belgii 5. června 2017.
Čtvrtý start zaznamenal v přípravném zápase v Kataru proti Islandu, který česká reprezentace vyhrála 2:1. Odehrál devadesát minut. Hrálo se 8. listopadu 2017.
První start v soutěžním zápase si Ondra připsal 13. října 2018 v zápase UEFA Nations League proti Slovensku, další pak na Ukrajině ve stejné soutěži. Svůj sedmý a osmý reprezentační start uskutečnil v listopadu 2018 při utkáních s Polskem a Slovenskem.
Devátý a desátý start byly v utkáních v Anglii a doma proti Brazílii. Jedenáctý na Letné proti Bulharsku v kvalifikaci na UEFA EURO 2020, dvanáctý proti Černé Hoře. Další pak přišly v kvalifikaci v Kosovu a v Černé Hoře. Nejvýraznějším momentem se pak stala vítězná branka do sítě Kosova, která definitivně zajistila postup na UEFA EURO 2021.
V roce 2020 Ondra nastupoval pravidelně v základu v UEFA Lize národů.
V červnu roku 2021 se představil na finálovém turnaji UEFA EURO 2020.